La mayoría de las cordilleras y elevaciones del municipio están formadas por calizas que datan de la era mesozoica. Al oriente se localiza el sistema orográfico de mayor importancia: La Cordillera del Rosario, y al poniente, se eleva el picacho de mayor altura del municipio denominado "Las Peras", formando tanto las del oriente como las del poniente al unirse a las del sur, un escarpado cañón en los márgenes del río Nazas, lo que hace que cuando corre el agua, lo haga con violencia en este lugar.

Las cadenas intermedias son de poca altura y se encuentran de forma aislada entre las que destacan: Las Chorreras, Cerro Prieto, Buen Reparto, Mesa de la Cañada de Magueyes, San Antonio, Cerro Blanco, entre otras. Rodeando la cabecera municipal, se localiza la cadena de cerros de El Centinela.

Al oriente del municipio se encuentra la sierra de Los Alamos, y los cerros de La Campana y del Fuste, importantes por haber albergado a los indígenas de la región en sus cavidades.