Santa Clara es un nombre que evoca la actividad misionera de los franciscanos, orden religiosa que mantenía conventos de "clarisas" para mujeres y no obstante que no se tienen noticias de establecimientos femeninos en la Nueva Vizcaya durante la Colonia, el nombre de Santa Clara se atribuye a este antecedente.

En el municipio existe una cordillera de poca altura y un sistema de mesetas de gran extensión, cubiertas por una plancha de basalto casi horizontal, acantilada en sus bordes, formación que se prolonga hasta los terrenos de San Juan de Guadalupe y que es digna de estudio, ya que seguramente, en tiempos geológicos hubo una gigantesca deyección de lavas que cubrió los terrenos, entonces planos, que fueron desgarrados en el curso de los siglos por la acción de las lluvias torrenciales del período cuaternario.

Este municipio es uno de los pocos del estado que carecen de yacimientos minerales.