Los habitantes aborígenes de estas tierras fueron las tribus de los laguneros, salineros, tobosos, cocoyomes, tarahumaras y tepehuanes, estas tribus habitaban alrededor de la Laguna conocida como "Laguna del Caimán" y "Laguna de Tlahualilo”.

Tlahualilo empezó a surgir en el año de 1863, sus tierras fueron adquiridas por el terrateniente Juan Nepomuceno Flores Alcaine.

El territorio pertenecía al Partido de Mapimí, pues no tenía la categoría de municipio. A este lugar también lo llaman Ciénaga de Tlahualilo y centro de la Comarca Lagunera; el Barón de Humboldt historiador y científico alemán, describe a la Laguna de Tlahualilo como una isla en su obra sobre "La Nueva España".

El principal centro de atracción turística es el lugar conocido como la "Zona del Silencio", que localiza en la parte norte de la cabecera municipal, principia a la altura de la antigua Hacienda de Mohovano para adentrarse a lo que originalmente se le denominó "Ventana Espacial”.